С одной стороны, конечно, хочется накладывать JS сразу по мере загрузки HTML. Иными словами, хорошо бы делать инициализацию JS-кода компонента сразу после загрузки HTML-кода компонента:
<div id="something">
...
</div>
<script>
Something.init();
</script>Понятно зачем — чтобы свести к минимуму задержку между двумя событиями: 1) HTML компонента отобразился и 2) JS компонента загрузился и инициализировался.
Например, чтобы псевдоссылка сразу вела себя как порядочная псевдоссылка и показывала спрятанный за ней контент, а форма сразу умела валидироваться в тот самый момент, когда она полностью вывелась на экран.
Разумеется, для этого нужно грузить JS-код компонента вперед HTML-кода (обычно это делают в <head>).
***
С другой стороны, следуя рекомендациям ведущих специалистов по борьбе с тормознутостью сайтов, хочется вынести загрузку всех JS-файлов в конец страницы (перед закрывающим тегом <body>).
Тоже понятно зачем — чтобы первым делом загрузился и показался контент, и у пользователя возникло ощущение, что сайт грузится быстро.
Однако, минус очевиден — увеличивается задержка между рассмотренными выше событиями 1) и 2). То есть мы получаем, что пользователь дольше видит HTML с еще не наложенным яваскриптом.
***
Что делать? Я думаю, что правильный путь — это все-таки вынести загрузку всех JS-файлов в конец страницы, при этом в <head> грузить один маленький легковесный скрипт, который при попытке пользователя взаимодействовать с компонентом при еще не наложенном JS, будет сигнализировать ему, что, мол, все окей, подожди чуть-чуть, JS грузится и скоро наступит счастье.
Вот и Мэтт Снайдер похожим путем идет. А как вы решаете эту дилемму?
Pro JavaScript Techniques
JavaScript: The Good Parts
Pro JavaScript Design Patterns